Josef Van Ess obtient son Doctorat à l’Université de Bonn en 1959, où il présente une thèse sur la pensée d’Ḥārit al-Muḥāsibī sous la direction de H. Ritter.
Il devient professeur à l’Université de Tübingen en 1968 où il a été le titulaire de la Chaire des Études islamiques et des langues sémitiques jusqu’à sa retraite en 1999.